Díjak
- 1990 Osztrák Köztársaság Érdemkeresztje a kultúráért és a tudományért I. fokozat
(Österreichische Ehrenkreuz für Wissenschaft und Kunst)
- adományozó: Osztrák Köztársaság elnöke
- elismert teljesítmény: A magyarországi kulturális rendszerváltásban és a közép-kelet-európai népek együttműködéséért kifejtett munkásságáért
- 1994 Freedom kulturális-tudományos Nagydíj (USA, New York)
- adományozó: Zsidó Világkongresszus
- elismert teljesítmény: Zsidó és keresztény kultúra közös gyökereinek ápolásáért
- 1995 Széchenyi-díj
- adományozó: Magyar Köztársaság elnöke
- elismert teljesítmény: Tudományos munkásságáért, iskolaalapító tevékenységért
- 1996 Kisebbségekért Díj
- adományozó: Magyar Köztársaság Kormánya
- elismert teljesítmény: A határokon túli magyarság és a magyarországi nem magyar kisebbség kultúrájának ápolásáért, történeti bemutatásáért
- 1997 Jedlik Ányos-díj Honoris causa
- adományozó: Magyar Szabadalmi Hivatal
- elismert teljesítmény: A magyarországi technikai és természettudományos kultúra történetének feltárásáért
- 1997 Herder-díj
- adományozó: Bécsi Egyetem–Alfred Toepfer Stiftung, Hamburg
- elismert teljesítmény: A történettudományi módszertan terén elért nemzetközi eredményeiért és az európai kisebbségek történetének összehasonlító kutatásáért
- A kuratórium indoklásából: „Mit Ferenc Glatz ehrte das Kuratorium einen, wenn nicht den wesentlichsten Historiker Ungarns in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts.”
- 1998 Interfaith Gold Medaillon (London)
- adományozó: Zsidók és Keresztények Nemzetközi Tanácsa
- elismert teljesítmény: A különböző vallási felekezetek közötti jó kapcsolatok kialakításában szerzett érdemekért
- 2003 Német Szövetségi Köztársaság Nagykeresztje
(Grosses Verdienstkreuz des Bundesrepublik Deutschland)
- elismert teljesítmény: Az európai népek közti egyetértés ápolásáért, a német kultúra európai helyének bemutatásáért
- 2003 Olasz Köztársaság Elnöki Ezüst Érme
- adományozó: Olasz Köztársaság elnöke
- elismert teljesítmény: Az Európai Unióban a kulturális integrációért kifejtett munkásságáért
- 2004 Magyar Köztársasági Érdemrend Nagykeresztje
- adományozó: Magyar Köztársaság elnöke
- elismert teljesítmény: A magyar tudomány konszolidációjáért és kutatói munkásságáért
- 2007 Prima Primissima Díj a magyar tudomány kategóriában
- adományozó: Vállalkozók Országos Szövetsége – Prima Primissima Alapítvány
- elismert teljesítmény: a magyar történettudományban végzett kutatói munkásságáért
- 2007 Magyar Zsidó Kultúráért Díj
- adományozó: Magyar Zsidó Kulturális Egyesület
- elismert teljesítmény: a magyar zsidóság történetének tanulmányozásáért; a Nyári Zsidó Fesztivál alapító fővédnökeként a zsidó kultúra megismertetésében játszott szerepéért
- 2009 Budapest főváros díszpolgára
- adományozó: Budapest Főváros Önkormányzata
- elismert teljesítmény: Magyarország történetének kutatásában, a történelmi ismeretek népszerűsítésében, a demokratikus hagyományok átörökítése érdekében végzett több évtizedes munkásságáért
